肉眼观察拔下的患牙根尖区有污秽的脓性分泌物沉积，根尖粗糙不平，镜下观察可见肉芽肿中央的细胞坏死、液化，形成脓液，周围主要是中性粒细胞、巨噬细胞，外有密集的淋巴细胞和浆细胞浸润，若由急性牙槽脓肿转变来，根尖部贮存的脓液被周围的纤维医学教育|网搜集整理结缔组织包绕，和肉芽肿中心液化所形成的脓肿相同，根尖部骨组织和牙骨质可有吸收破坏，在邻近的牙周膜和骨髓腔内也可见血管扩张，炎细胞浸润。
有瘘型的慢性根尖周炎瘘管壁有上皮组织相衬，为复层扁平上皮，上皮可来源于肉芽肿内的上皮团，也可由口腔黏膜上皮经瘘管口长人，上皮下层结缔组织中有大量炎细胞浸润和血管充血。
