慢性根尖周脓肿的病理变化肉眼观察拔下的患牙根尖区有污秽的脓性分泌物沉积，根尖粗糙不平。镜下观察可见肉芽肿中央的细胞坏死、液化，形成脓液，周围主要是中性粒细胞、巨噬细胞，外有密集的淋巴细胞和浆细胞浸润。若由急性牙槽脓肿转变来，根尖部贮存的脓液被周围的纤维结缔组织包绕，和肉芽肿中心液化所形成的脓肿相同。根尖部骨组织和牙骨质可有吸收破坏医学教|育网搜集整理。在邻近的牙周膜和骨髓腔内也可见血管扩张医学教|育网搜集整理，炎细胞浸润。
有瘘型的慢性根尖周炎瘘管壁有上皮组织相衬，为复层扁平上皮。上皮可来源于肉芽肿内的上皮团，也可由口腔黏膜上皮经瘘管口长入。上皮下层结缔组织中有大量炎细胞浸润和血管充血。
