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依据DNA的同源性和抗原构造将衣原体份为1属4种。即衣原体属分为：沙眼衣原体、肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体和兽类衣原体。
对人致病的主要是前三种衣原体，其中以沙眼衣原体最多见医|学教育网搜集整理。
其中沙眼生物变种有A～K，其间另增亚型Ba、Da和Ia，共14个血清型；性病淋巴肉芽肿生物变种有L1、L2、L2a、L3四个血清。用单克隆抗体识别鹦鹉热衣原抗原至少可分为8个血清型。肺炎衣原体只有1个血清型
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