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由蛋白质组成的受体具有一定的三维空间结构。在药物与受体的各原子或基团间相互作用时，作用的原子或基团间的距离对于相互间的引力有重要的影响。因此，药物与受体原子或基团的空间互补程度愈大，则其特异性愈高，作用愈强。药物中官能团间的距离、手性中心及取代基空间排列的改变、均能强烈地影响药物受体复合物的互补性，从而影响药物和受体的结合。

受体和药物都是三维实体，因此，药物也具有立体异构，即几何异构和光学异构均对药物活性有较大的影响。

几何异构是由双键或环等刚性或半刚性系统的存在所导致的分子内旋转受到限制而产生的异构现象。几何异构体的理化性质和生理活性都有较大差异。

光学异构是由于分子中存在手性中心，使两个对映体互为实物和镜像，除了将偏振光向不同方向旋转外，两者有着相同的物理性质和化学性质，但其生理活性则有不同的情况。在有些药物中，光学异构体的药理作用相同，但在多数药物中，其左旋体和右旋体的生物活性并不同。药物中光学异构体生理活性的差异反映了药物与受体结合时对立体结构的要求较高。

一般认为，这类药物需要通过三点与受体结合，例如：D-（-）肾上腺素通过下列三个基团与受体三点结合。

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