执业药师资格证书注册机构须在收到申请之日起30个工作日内，对符合条件者予以注册；对不符合条件者不予注册，同时书面通知申请人并说明理由。
执业药师资格证书注册机构根据申请注册者的《执业药师资格证书》中注明的专业类别进行注册。
执业药师资格证书注册机构办理注册时，在《执业药师资格证书》中的注册情况栏内加盖注册专用印章，并发给国家药品监督管理局统一印制的《执业药师注册证》。
执业药师在同一执业地区变更执业单位或范围的，须到原执业药师注册机构办理变更注册手续，填写“执业药师变更注册登记表”，并提交以下材料：
（一）《执业药师资格证书》和《执业药师注册证》;
（二）新执业单位合法开业的证明复印件; 执业药师变更执业地区的，须到原执业药师注册机构办理变更注册手续，填写“执业药师变更注册登记表”，并向新执业地区的执业药师注册机构重新申请注册。新的执业药师注册机构在办理执业注册手续时，应收回原《执业药师注册证》，并发给新的《执业药师注册证》。
执业药师资格证书注册后如有下列情况之一的，予以注销注册：
（一）死亡或被宣告失踪的;
（二）受刑事处罚的;
（三）被吊销《执业药师资格证书》的;
（四）受开除行政处分的;
（五）因健康或其它原因不能从事执业药师业务的。注销注册手续由执业药师所在单位在30个工作日内向注册机构申请办理，并填写“执业药师注销注册登记表”。执业药师注册机构经核实后办理注销注册，收回《执业药师注册证》。
执业药师资格证书注册机构每年将注册情况报国家药品监督管理局备案，并定期公告。
国家药品监督管理局发现上报备案的执业药师中有不符合规定条件的，有权责令执业药师注册机构复查并予以改正。
对不予注册或注销注册持有异议的当事人，可以依法申请行政复议或者向人民法院提起诉讼。
凡以骗取、转让、借用、伪造《执业药师资格证书》、《执业药师注册证》和《执业药师继续教育登记证书》等不正当手段进行注册的人员，一经发现，由执业药师注册机构收缴注册证并注销注册。构成犯罪的，依法追究其刑事责任。
执业药师资格证书注册机构的工作人员，在注册工作中玩忽职守、滥用职权、徇私舞弊，由其所在单位依据有关规定给予行政处分;构成犯罪的，依法追究刑事责任。
持有《执业药师资格证书》的人员未经注册，不具有执业药师身份，不得从事执业药师业务活动，其所出具的与执业药师业务有关的证明，均属无效。
执业单位系指合法的药品生产、经营、使用单位。
特别说明：
香港、澳门永久性居民执业药师注册事项
国家食品药品监督管理局就有关事项印发通知明确：从2009年10月1日起，各省(区、市)食品药品监管部门受理已取得内地《执业药师资格证书》的香港、澳门永久性居民提交的执业药师注册申请，并按照《关于修订印发执业药师注册管理暂行办法的通知》(国药管人〔2000〕156号)等相关规定办理。对已取得内地《执业药师资格证书》的香港、澳门永久性居民申请在内地执业注册时，除按规定提交注册申请材料外，还须出具《台港澳人员就业证》、香港药剂师执照或澳门药剂师执照原件，并同时提交复印件，且执业单位应与《台港澳人员就业证》上所注明的用人单位相一致。
