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1993年，原卫生部印发《临床住院医师规范化培训试行办法》，将住院医师培训分为各2-3年的两个阶段进行，其中第二阶段即类似于专科医师培训，部分地区和医学院校开展了相关的探索工作，对提高临床医师的技术水平和服务质量发挥了重要作用。

2004年，在财政部的支持下，立项开展了《建立我国专科医师培养和准入制度研究》的课题研究，制订了临床18个普通专科（二级学科）、内科和外科下的16个亚专科（三级学科）培训标准、基地认定标准等医学教育网搜|集整理，前者后来融入住院医师规范化培训。

2006年，启动了专科医师培训试点工作，先后在19所高校、100家医院的1112个专科基地开展了试点。另外，原卫生部结合专科医师准入选择了骨科等部分专科开展专科医师培训试点。

北京、广东、四川等作为试点省，浙江、江苏等地区的部分医院开展了专科医师培训试点工作，上海市也于2013年全面推开专科医师培训试点工作。前期的探索工作不仅促进了住院医师规范化培训制度的建立，也为推出专科医师规范化培训制度试点提供了重要的实践依据。

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