在生物氧化过程中，ATP（三磷酸腺苷）主要通过两种方式产生：底物水平磷酸化和氧化磷酸化。
1. 底物水平磷酸化：这种方式发生在糖酵解、柠檬酸循环等代谢途径中。当高能磷酸化合物如1,3-二磷酸甘油酸或磷酸烯醇式丙酮酸在酶的作用下将一个磷酸基团转移到ADP（二磷酸腺苷）上形成ATP时，就发生了底物水平磷酸化。
2. 氧化磷酸化：这是细胞内生成ATP的主要方式。它发生在细胞的线粒体内膜上。首先，在电子传递链中，NADH和FADH2作为电子供体将电子传递给一系列载体分子，最终将电子传递给氧气形成水。在这个过程中，电子传递链上的复合物I、III和IV可以利用释放出的能量泵送质子从线粒体内膜的基质侧到外侧，从而在内膜两侧建立起一个电化学梯度（即质子动力）。接下来，在ATP合酶的作用下，这个质子动力被用来驱动ADP与无机磷酸结合生成ATP。
通过这两种机制，生物体可以在代谢过程中有效地产生和利用能量。
