在小肠中，多种酶参与了蛋白质的消化过程。这些酶主要包括：
1. 胰蛋白酶（Trypsin）和糜蛋白酶（Chymotrypsin）：这两种酶是由胰腺分泌的，它们可以将蛋白质分解成较小的多肽片段。
2. 羧基肽酶（Carboxypeptidase）：同样由胰腺产生的羧基肽酶能够从多肽链的一端逐步切下氨基酸。
3. 肠激酶（Enterokinase）或称为肠致活酶：这种酶可以激活胰蛋白酶原，使其转化为活性形式的胰蛋白酶。胰蛋白酶再进一步将其他蛋白酶前体如糜蛋白酶原激活为具有催化作用的形式。
4. 氨基肽酶和二肽酶（Aminopeptidases and Dipeptidases）：这些酶存在于小肠黏膜细胞表面，能够分解多肽链至更小的片段直到单个氨基酸或小分子的二肽、三肽等。
通过这一系列酶的作用，食物中的蛋白质最终被分解成可被人体吸收的小分子物质。
