非苯二氮卓类药物和苯二氮卓类药物虽然都作用于中枢神经系统，但它们在化学结构、药理作用机制以及临床应用上存在显著差异。
1. 化学结构：苯二氮卓类药物的分子中包含一个苯环与一个七元亚硝基氮杂环相连的结构。而非苯二氮卓类药物则没有这种特定的化学结构，它们可能含有其他类型的环状或非环状化合物作为其主要成分。
2. 作用机制：两类药物虽然都是通过增强γ-氨基丁酸（GABA）的作用来发挥镇静、催眠效果的，但具体的作用方式有所不同。苯二氮卓类药物主要是通过与GABAA受体上的特定位点结合，增加氯离子通道开放频率，从而加强抑制性神经传递。而非苯二氮卓类药物如佐匹克隆等，则是选择性地作用于GABAA受体的α1亚单位，对其他亚单位的影响较小。
3. 临床应用：在临床上，苯二氮卓类药物具有更广泛的用途，包括抗焦虑、肌肉松弛、抗惊厥以及作为术前用药。而非苯二氮卓类药物主要被用于治疗失眠症，尤其是对于入睡困难的患者效果较好。
4. 不良反应及依赖性：与苯二氮卓类相比，非苯二氮卓类药物通常具有较低的成瘾性和较少的副作用。例如，在使用过程中出现的认知功能障碍、记忆损害等问题相对较少见。

总之，虽然两类药物在某些方面有相似之处，但在具体的应用场景和安全性上存在着明显的区别。