RNA聚合酶能够识别并结合到DNA上的特定区域，这些区域被称为启动子。在原核生物中，启动子通常包含两个保守的序列元件，分别是位于转录起始点上游约-10和-35位置的TATA盒（Pribnow box）和TTGACA序列。RNA聚合酶通过其σ因子识别并结合到这些保守区域上，从而实现对基因表达的精确调控。

在真核生物中，启动子结构更为复杂，通常包括核心启动子元件、上游启动子元件以及增强子等。其中，核心启动子包含TATA盒、起始子（Inr）、下游启动子元件（DPE）等多个重要序列。RNA聚合酶II识别并结合到这些元件上需要依赖一系列转录因子的辅助。例如，在转录起始过程中，基本转录复合物首先通过TBP（TATA-box binding protein, TATA盒结合蛋白）与DNA上的TATA盒相结合，随后招募其他转录因子和RNA聚合酶II形成预启动复合物，最终实现基因转录的精确调控。

总之，无论是原核还是真核生物，RNA聚合酶对启动子序列的识别都是通过特定的蛋白质-DNA相互作用来完成的，这一过程对于确保基因表达的时间、空间特异性具有重要意义。