在小肠中，参与蛋白质分解的主要有几种重要的酶。首先，胰腺分泌的消化酶对于蛋白质的分解至关重要，其中包括胰蛋白酶和糜蛋白酶。这些酶可以将蛋白质分解成较小的多肽链。此外，还有羧基肽酶，它能进一步将多肽链中的氨基酸从羧基端逐个切除。
进入小肠后，食物颗粒已经被胃酸初步处理过，胃部的主要蛋白水解酶是胃蛋白酶，虽然它的主要作用发生在胃中，但其产物也是小肠内继续分解蛋白质的基础。到了小肠，上述胰腺分泌的酶开始发挥作用，并且小肠自身的细胞也会分泌一些酶来帮助消化过程，比如氨基肽酶和二肽酶等，它们能够将多肽进一步降解成游离氨基酸或较小的寡肽。
这些酶共同作用下，使得蛋白质被彻底分解为可以被人体吸收的小分子物质。
