在水质监测中，常用的生物指标主要包括细菌、藻类和水生昆虫等。具体来说：
1. 细菌指标：最常用的是总大肠菌群数和粪大肠菌群数，它们可以反映水中是否受到人畜排泄物的污染。另外还有大肠杆菌，它被认为是检测水源是否存在病原微生物污染的重要指标。
2. 藻类：藻类的数量及种类变化能反映出水体营养状况以及可能存在的富营养化问题。例如蓝绿藻大量繁殖通常与氮磷等营养物质过量有关。
3. 水生昆虫：通过观察底栖动物如蜉蝣、石蝇和毛翅目幼虫等的种群动态，可以评估河流或湖泊生态系统的健康状态。这些生物对环境变化非常敏感，其存在与否及数量多少能间接反映水质的好坏。
4. 其他微生物指标：除了上述提到的细菌外，有时还会检测病毒（如腺病毒）、寄生虫（如隐孢子虫）等其他潜在致病性微生物的存在情况。
这些生物指标结合化学和物理参数一起分析，可以全面地判断水体的质量状况，并为制定相应的管理和保护措施提供依据。
