疏水作用在蛋白质三维结构中起着非常重要的作用。首先，疏水作用有助于蛋白质分子折叠成特定的三维构象。蛋白质是由氨基酸残基通过肽键连接而成的长链，在水环境中，疏水性的氨基酸侧链倾向于聚集在一起，并远离水相，这种趋势促使蛋白质分子内部形成一个相对疏水的核心区域。这个过程不仅有利于稳定蛋白质的空间结构，而且对于维持其功能至关重要。
其次，疏水作用还参与了蛋白质之间的相互识别和结合过程。在许多生物过程中，如酶与底物的结合、信号传导蛋白间的相互作用等，疏水性表面或口袋往往能够特异性地吸引并结合其他分子中的相应疏水区域，从而促进特定生物学功能的实现。
总之，疏水作用是蛋白质正确折叠、保持稳定构象以及执行生理功能的基础之一。
