酶活性中心主要由两个部分构成，即结合部位和催化部位。这两部分在酶发挥其生物催化作用时起着至关重要的作用。
首先，结合部位负责与底物进行特异性识别并紧密结合。这个区域通常具有高度的立体选择性和化学选择性，能够精确地识别特定的底物分子，并通过非共价相互作用（如氢键、静电作用和疏水效应等）将底物固定在活性中心附近，为催化反应的顺利进行创造条件。
其次，催化部位则是实际发生化学转化的地方。它含有能够促进或直接参与化学键断裂与形成的氨基酸残基或其他辅助因子。这些组分通过降低反应活化能来加速底物向产物的转变过程，从而实现高效的生物催化作用。
此外，活性中心还可能包含一些其他结构元素，如金属离子、辅酶等，它们可以作为桥接分子或者电子传递载体，在特定类型的酶促反应中起到辅助作用。总之，酶活性中心是一个高度复杂且精细调控的空间构象区域，其精确的三维结构对于维持酶的功能至关重要。
