饮用水卫生标准中的微生物指标主要用来评估水体是否受到污染以及潜在的健康风险。这些指标包括但不限于：
1. 总大肠菌群：总大肠菌群是指一群在一定条件下能发酵乳糖产酸产气、需氧和兼性厌氧的革兰氏阴性无芽孢杆菌，它们主要来源于人畜粪便。总大肠菌群的存在表明水体可能受到了来自人或动物排泄物的污染。
2. 耐热大肠菌群（也称作粪大肠菌群）：耐热大肠菌群是总大肠菌群的一部分，能够在44.5℃下生长繁殖。这类细菌更特异地指示了水体受到人类和温血动物粪便的污染。
3. 大肠埃希氏菌（E.coli）：这是一种典型的肠道致病菌，其存在通常意味着水源受到了直接或间接的人类活动影响，尤其是未经处理的生活污水排放。大肠埃希氏菌是评估饮用水安全性的关键指标之一。
4. 菌落总数：指在一定条件下培养后形成的可见细菌菌落数量。虽然不是特异性指示污染物的来源，但高浓度的菌落总数可能反映水质较差或消毒不彻底等问题。
5. 其他特定病原体：根据地区性流行疾病情况及水源特性，还可能需要监测一些特殊病原微生物如隐孢子虫、贾第鞭毛虫等寄生虫卵囊或胞囊，以及病毒（例如诺罗病毒）和致病性细菌（如沙门氏菌属、志贺氏菌属等）。

在实际应用中，各国和地区可能会有不同的具体标准和限值要求。总体而言，上述微生物指标的检测结果是评价饮用水安全性的重要依据之一，对于预防水源性疾病具有重要意义。