在完全随机设计中，判断两个样本是否独立主要依赖于研究的设计和数据收集过程。具体来说，如果一个样本中的观测值不受另一个样本中任何观测值的影响，则可以认为这两个样本是独立的。这意味着每个个体被分配到某个组别（如实验组或对照组）的概率不受到其他个体分配情况的影响。
在实际操作中，确保两样本独立性的方法包括：
1. 独立随机抽样：从总体中独立地抽取两个样本，保证一个样本中的元素不会影响另一个样本的选取。
2. 分配机制：通过随机化过程将研究对象分配到不同的组别。例如，在临床试验中，使用随机数字表或计算机生成的随机序列来决定每个参与者进入哪个治疗组，确保了各组之间的独立性。
此外，还可以从统计角度检查两样本是否独立：
- 可以计算两个样本的相关系数（如Pearson相关系数），如果接近0，则表明两者之间没有线性关系，可能暗示它们是相互独立的。
- 进行卡方检验或Fisher精确检验等假设检验方法来评估两组间是否存在显著差异。若P值大于预设水平（通常为0.05），则不能拒绝原假设，即认为两个样本是独立的。
总之，在完全随机设计中确定两样本是否独立主要依靠研究的设计和适当的统计分析手段。
