先天性甲状腺功能减退症（简称先天性甲减）是一种新生儿常见的内分泌疾病，其主要病因包括以下几个方面：

首先，甲状腺发育不良或不全是最常见的原因。这可能是因为胎儿在母体内时，由于遗传因素或者环境因素的影响，导致甲状腺未能正常发育，或者是虽然形成了但结构异常，不能产生足够的甲状腺激素。

其次，碘缺乏也是引起先天性甲减的一个重要原因。碘是合成甲状腺激素的重要原料之一，在某些地区因为土壤和水中含碘量低，孕妇摄入不足，可影响胎儿甲状腺的正常功能。

第三，遗传因素也起着重要作用。已知有多种基因突变与先天性甲减有关，如TSHR（促甲状腺素受体）基因、TG（甲状腺球蛋白）基因等。这些基因的异常可能导致甲状腺激素合成障碍或分泌不足。

此外，母亲在怀孕期间使用某些药物也可能影响胎儿甲状腺的功能，比如抗甲状腺药物、锂盐等，它们可能通过胎盘屏障干扰胎儿甲状腺的正常发育和功能。

最后，还有一些少见的情况，如先天性垂体疾病导致TSH（促甲状腺素）分泌不足，或者存在自身免疫性疾病等情况，也可能会造成新生儿出现甲状腺功能减退的现象。

对于疑似患有先天性甲减的婴儿，应尽早进行筛查并确诊，以便及时给予适当的治疗。早期诊断和合理干预可以有效避免或减轻因该病导致的生长发育迟缓等问题。