动物性食品的主要微生物污染源主要包括以下几个方面：
首先，环境因素是一个重要的污染源。这包括养殖场内的空气、水、土壤以及饲料等都可能携带细菌、病毒、真菌或寄生虫等微生物，这些微生物可以通过各种途径接触到动物体表或是进入动物体内，进而随同动物产品（如肉、蛋、奶）传递给人类。
其次，在屠宰加工过程中也容易发生污染。如果屠宰场的卫生条件不达标，或者操作人员没有严格遵守卫生规范，那么在宰杀、去内脏、分割等环节中就可能引入微生物污染。此外，使用的工具和设备如果没有经过彻底清洁消毒，同样会成为重要的污染源。
第三，运输与储存过程中的不当处理也会导致动物性食品受到微生物的污染。例如，在高温或潮湿环境下长时间存放肉类，容易造成细菌繁殖；而冷藏冷冻设施如果管理不善，则可能使本应抑制微生物生长的低温环境失效，从而引发食品安全问题。
最后，消费者在购买后对食材的处理方式也会影响最终产品的安全性。比如解冻不当、生熟交叉污染等都会增加食品被微生物污染的风险。
为了有效预防和控制动物性食品中的微生物污染，需要从源头做起，加强养殖环节的管理；提高加工过程中的
卫生标准；确保运输储存条件符合要求；同时也要普及科学合理的家庭烹饪知识，共同保障食品安全。
