大脑皮层对消化系统的控制主要通过自主神经系统来实现，具体涉及到交感神经和副交感神经两大分支。大脑皮层可以接收来自身体内外的各种信息，并根据这些信息做出反应，调节包括消化系统在内多个器官的功能活动。

当大脑接收到需要启动或抑制消化过程的信号时（如看到、闻到食物或是情绪紧张等），它会通过下丘脑将指令传递给自主神经系统。下丘脑作为中枢神经系统的高级整合中心，在这里起到了桥梁的作用，连接了大脑皮层与自主神经系统。

在促进消化方面，副交感神经占主导地位。当人体处于安静状态时，如进食后休息期间，大脑皮层会通过激活副交感神经系统来增加胃肠道的血流量、提高平滑肌收缩力以及增强腺体分泌等，从而加速食物的消化和吸收过程。

相反地，在应对紧急情况或者应激状态下，大脑皮层则倾向于调动交感神经系统的活动。此时，为了保证重要生命维持功能如心跳加快、呼吸加深等的需求，会减少对非必要生理活动的支持，比如减缓胃肠道蠕动速度、降低腺体分泌量，甚至会导致暂时性的消化停止。

此外，大脑皮层还能通过释放特定的激素或神经递质来间接影响消化系统的功能。例如，在压力情境下，人体可能会分泌更多的皮质醇，这不仅会影响食欲，还可能改变肠胃道的运动模式和黏膜屏障的功能。

总之，大脑皮层对消化系统的调控是一个复杂的过程，涉及到多个层次上的相互作用和调节机制。