由于没有明确指出是哪两菌属，下面以常见的葡萄球菌属和链球菌属为例，来阐述它们形态结构上的差异。

葡萄球菌属细菌呈球形或稍呈椭圆形，直径约0.5 - 1.5μm。典型的葡萄球菌排列成葡萄串状，这是因为在繁殖时，细菌细胞分裂后，子代细胞仍保持一定的连接方式，多个细胞聚集在一起形成类似葡萄串的形态。葡萄球菌无鞭毛，不能运动，也不形成芽孢。有些葡萄球菌在细胞壁外还能形成荚膜或黏液层，荚膜或黏液层具有抗吞噬等作用，有助于细菌在宿主体内生存。其细胞壁含肽聚糖、磷壁酸等成分，磷壁酸具有抗原性，是重要的表面抗原。

链球菌属细菌呈球形或椭圆形，直径0.6 - 1.0μm，呈链状排列，链的长短不一，这与细菌的种类及生长环境有关。在液体培养基中易形成长链，在固体培养基上则链较短。链球菌也无芽孢，多数无鞭毛，幼龄培养物（2 - 4小时）可形成透明质酸的荚膜，随着培养时间的延长，由于细菌自身产生的透明质酸酶的作用，荚膜可逐渐消失。其细胞壁的主要成分也是肽聚糖，但与葡萄球菌相比，链球菌细胞壁中的M蛋白具有抗吞噬和黏附上皮细胞的作用，是重要的致病物质。

综上所述，葡萄球菌属和链球菌属在细胞排列方式、特殊结构（如荚膜情况）以及细胞壁成分和功能等形态结构方面存在明显差异，这些差异也在一定程度上影响了它们的生物学特性和致病性。