氧化磷酸化是细胞内能量转换的重要过程，它主要发生在线粒体中。在这个过程中，电子传递链（ETC）和ATP合酶起着核心作用。关键分子主要包括：
1. 电子载体：这些分子包括NADH 和 FADH2 ，它们在代谢途径中携带高能电子到电子传递链。NADH和FADH2将电子交给复合物I（对于NADH）或复合物II（对于FADH2），开始氧化磷酸化过程。
2. 电子传递链的蛋白复合物：电子传递链由四个主要的蛋白复合物组成，即复合物I、II、III和IV。这些复合物通过一系列氧化还原反应将电子从NADH或FADH2转移到氧气，最终形成水。在这个过程中，质子（H ）被泵入线粒体内膜外侧空间，建立跨膜的电化学梯度。
3. ATP合酶：也称为复合物V，它利用上述由电子传递链产生的质子梯度来合成ATP。当质子通过ATP合酶流回线粒体基质时，其能量被用来将ADP和无机磷酸（Pi）结合生成ATP。
4. 质子：虽然不是传统意义上的“分子”，但质子在氧化磷酸化过程中扮演了重要角色。它们在线粒体内膜两侧的分布差异形成了电化学梯度，这是驱动ATP合酶工作的能量来源。

综上所述，在氧化磷酸化的偶联机制中，NADH、FADH2、电子传递链的蛋白复合物以及ATP合酶都是至关重要的分子或结构。此外，质子在形成跨膜电化学梯度方面也起到了关键作用。这些成分共同协作，确保了细胞能够高效地产生能量货币——ATP。