泌尿男生殖系统结核是全身结核病的一部分，大多继发于肺结核，其次是骨关节结核及肠结核等。
1.病理型肾结核
结核杆菌多经血行感染，最初常是双肾同时受累，结核杆菌进入肾皮质的肾小球血管丛中，形成多发性粟粒状结核结节，由于肾皮质的血运丰富，抵抗力和修复力较强，大多均可自行愈合，临床上常不出现症状，称为病理型肾结核。
2.临床型肾结核
双肾皮质的粟粒状结核结节，在全身或局部抵抗力降低的情况下，结核杆菌可经肾小球过滤到达肾小管，并在肾髓质的肾小管袢处停留，由于该处血流缓慢血运差，易形成结核病灶。继而病变经肾小管、淋巴管或直接蔓延并穿破肾乳头到达肾盏、肾盂，造成结核性肾盂肾炎，引起症状称为临床型肾结核。
3.肾结核的病理
结核结节主要系纤维组织增生、浆细胞、淋巴细胞和上皮样细胞围绕菌落的病灶浸润。病变逐渐扩大，几个小病灶彼此融合，中心坏死，形成干酪脓肿或空洞，甚至形成肾积脓，全肾被破坏。
4.输尿管结核及"肾自截"
输尿管结核结节及溃疡可使输尿管壁纤维化，输尿管增粗、僵硬，管腔呈节段性狭窄，引起梗阻以上输尿管扩张和肾积水，进一步加重肾的破坏和肾功能的丧失。少数病人由于输尿管完全闭塞，全肾广泛钙化，混有干酪样物质，结核杆菌不能随尿进入膀胱，膀胱的继发结核病变好转或愈合，症状逐渐消失，称为"肾自截".但肾内病灶仍然有潜在的危险。
5.膀胱挛缩及对侧肾积水
膀胱结核结节、溃疡、肉芽肿、纤维化，有时病变深达肌层，引起严重纤维组织增生和瘢痕收缩，使膀胱容量显著减少，即形成膀胱挛缩。膀胱壁的病变使对侧输尿管口狭窄并破坏其活瓣作用，导致尿液进入膀胱受阻或反流，及膀胱挛缩使膀胱内压力升高引起对侧肾积水。膀胱挛缩和对侧肾积水是肾结核常见的晚期并发症。
6.尿道结核
可来自前列腺和精囊结核，主要病理变化是结核性溃疡，纤维化，后尿道病变，狭窄形成。
