慢性肾炎患者的自然病程变化很大，部分病人的病情比较稳定，经5～6年，甚至20～30年，才发展到肾功能不全期，少数病人可自行缓解。另一部分病人的病情因持续发展或反复发作，致使2～3年内即发展到肾功能衰竭。一般慢性肾炎持续性高血压及持续性肾功能减退者预后较差。
总之，慢性肾炎是具有进行性倾向的肾小球疾病，预后比较差。肾活检的病理学分型对预后的判断比较可靠，一般认为微小病变型肾病和单纯的系膜增殖性肾炎预后较好，膜性肾病进展较慢，其预后较膜增殖性肾炎好，后者大部分病例在数年内出现肾功能不全，局灶性节段性肾小球硬化预后亦差。近年来的研究表明，除了肾小球病变外，肾小管、肾内血管及肾间质病变的程度明显影响预后。肾小管萎缩、肾内小血管硬化、肾间质大量淋巴细胞浸润及间质纤维化则预后较差。
