1.广泛探索疾病的可疑危险因素
如在一次食物中毒的暴发调查中，可以从食谱中逐一探索哪一种食物为可能导致中毒的因素。在冠心病的病因研究中，在病因不明的阶段，可从机体内外诸因素中广泛筛选可疑危险因素，如家族遗传史、个人患病史、饮食习惯、吸烟饮酒史、体力活动情况、职业史、经济状况和居住环境等。
2.深入检验某个或某几个病因假说
经过描述性研究或探索性的病例对照研究，初步形成了病因假说之后，可以利用设计周密的病例对照研究加以检验。例如经过探索，发现吸烟与肺癌的发生关系极大，环境污染也可能与肺癌发病有关。于是着重调查吸烟量、吸烟年限、吸烟方式、戒烟时间、被动吸烟、吸烟种类等有关吸烟的详细情况，以印证吸烟与肺癌有关的假说。着重调查大气污染程度、住宅居室面积、通风习惯、厨房通风状况、热源种类、从事炊事工作时间等有关因素，以考察暴露于空气污染对肺癌发生的影响。
3.为进一步进行前瞻性研究提供明确的病因线索
利用病例对照研究所得到的明确线索，进一步进行分析流行病学的队列研究，或实验流行病学的现场实验，以证实该假说。
