晚期（相当于CDC分类第IV组C、D、E亚型，即AIDS期）：辅助性T细胞明显下降，多伴有各种机会性感染和肿瘤，临床可出现多种症状，各种机会性感染的病原和病变不同，临床表现各异（美国65%的AIDS患者发生卡氏肺囊虫肺炎；3%的AIDS患者通过纤维内窥镜发现食道念珠菌感染。20%～40%有周围神经炎症状可出现在疾病各期）。亦可伴有消耗综合征和痴呆。最常见的可有：
（1）机会感染：有革兰阳性或革兰阴性菌，结核杆菌及鸟型分枝杆菌。病毒（HBV、HSV）。真菌感染有隐球菌、念珠菌和组织胞浆菌感染。原虫有卡氏肺囊虫肺炎，弓形体病及隐孢子虫病等。
（2）恶性肿瘤：Kaposi肉瘤、淋巴瘤等。
（3）痴呆和消耗综合征：可由于脑细胞受HIV侵犯破坏。消耗综合征表现为明显消瘦。
艾滋病晚期的临床表现，则因感染的病原或病变的部位不同而异。诊断主要以临床症状、体征及有关实验及相关辅助检查而确定。
