所谓的自体免疫性疾病（autoimmune dieseases）就是免疫系统会攻击自身的组织。在类风湿性关节炎中，免疫系统是攻击病患的关节部位。而多发性硬化症则是神经细胞的神精髓鞘（myelin sheaths）受到攻击。
打个比方说，人体的免疫系统就好像保卫个体的国防军队一般，本來是用來防御身体免於受外来细菌、病毒等的入侵。正常状况下，免疫细胞会制造出各式抗体来对抗入侵的细菌病毒。但如果免疫系统失控、搞错了对象，制造出许多不正常的「自体抗体」，把身体自己的细胞、器官当做外物一般地攻击，就是所謂的「自体免疫」現象，往往导致受攻击的器官慢性发炎甚至丧失功能。
紅斑性狼疮就是一個典型的自体免疫疾病，而为什么会有这么多千奇百怪的症狀，也和免疫系统失序的程度有关。
