红斑狼疮的病因迄今仍没有确切结论，但多年来的研究，已经证实：红斑狼疮是一种在各种致病因素（遗传、感染、药物、紫外线等）作用下激发机体自身抗体细胞增多，产生的自身抗体与相应抗原反应，进而引起组织及器官的损害。
1、红斑狼疮病人体内有多种自身抗体，抗细胞核成份抗体如抗核抗体（DNA）、抗双链DNA抗体（ds-DNA）、抗单链DNA抗体（ssDNA）和抗SM抗体，抗胞浆成份抗体如抗核糖体抗体、抗SSA抗体，抗细胞表面抗原抗体如抗淋巴细胞抗体、抗SSA抗体，抗细胞表面抗原抗体如抗淋巴细胞抗体、抗红细胞抗体、抗血小板抗体。尤其抗核抗体（DNA）是引起红斑狼疮发病机制的直接因素。
2、抗原和抗体结合形成免疫复合物，沉积于靶组织，激活补体，引起一系列炎症性介质释放而损伤组织。免疫复合物是引起组织和器官损害的主要机制。
3、免疫调节障碍是指内外因素造成免疫系统异常，表现为T细胞数减少，尤其抑制性T细胞数减少，抑制性T细胞数量和功能下降导致B细胞合成免疫球蛋白和抗DNA的能力显着增强，产生大量的自身抗体，引发红斑狼疮。
