蓝光治疗新生儿黄疸的基本原理是利用特定波长的光线来改变血液中未结合胆红素的结构，使其更容易通过尿液和粪便排出体外。当新生儿出现黄疸时，他们的体内积累了过多的未结合（间接）胆红素，这种物质在正常情况下会被肝脏转化为可以直接排泄的形式。但是，由于新生儿的肝脏功能尚未完全发育，或者因为其他原因如溶血性疾病导致产生过多的胆红素，使得未结合胆红素水平升高，从而引起黄疸。

蓝光疗法中使用的光线波长通常在425-475纳米之间，这个范围内的光线能够穿透皮肤并作用于血液中的未结合胆红素分子。当这些分子吸收了特定波长的光能后会发生结构变化，从脂溶性转变为水溶性形式（即光异构化），这种转变使得它们不再容易穿过细胞膜进入脑组织造成损害，并且可以更容易地被肾脏和肝脏处理并排出体外。

在实际操作中，接受蓝光治疗的新生儿会被放置在一个特殊的蓝光灯箱内，裸露皮肤以增加光照面积，同时保护眼睛不受伤害。整个过程需要持续数小时至几天不等，具体时间取决于婴儿黄疸的程度以及对治疗的反应情况。通过这种方法可以有效降低血液中的胆红素水平，减轻或消除新生儿的黄疸症状。