小儿腹泻时，肠道菌群会发生显著的变化。正常情况下，人体肠道内存在大量的有益菌（如双歧杆菌、乳酸杆菌等），它们与宿主之间形成一个稳定的微生态系统，对维持肠道健康发挥着重要作用。然而，在发生腹泻尤其是感染性腹泻时，这种平衡会被打破。
1. 有益菌减少：由于频繁的排便，会导致大量正常存在于肠道内的有益细菌被排出体外，使得这些有益菌的数量显著下降。
2. 致病菌增加：在某些情况下，特别是当小儿因摄入不洁食物或水而引发腹泻时，致病性微生物（如轮状病毒、大肠埃希氏菌等）会在肠道内大量繁殖，并占据主导地位，进一步破坏原有的微生态平衡。
3. 菌群多样性降低：长期的腹泻可能导致肠道内的细菌种类减少，形成单一化的菌群结构，这不仅不利于恢复正常的消化功能，还可能增加再次感染的风险。

因此，在治疗小儿腹泻的过程中，除了针对病因进行相应的药物干预外，还需要关注肠道微生物的变化情况。可以通过补充益生元、益生菌等措施来调节和恢复肠道微生态平衡，从而促进患儿早日康复。同时，加强饮食管理，保证营养供给也是十分重要的辅助手段之一。