小儿维生素D缺乏性手足搐搦症主要是由于维生素D缺乏，导致血钙降低，神经肌肉兴奋性增高，从而出现惊厥、手足肌肉抽搐或喉痉挛等症状。以下是其具体病因：

维生素D缺乏是本病的基础病因。维生素D可促进肠道对钙、磷的吸收，增加肾小管对钙、磷的重吸收，并能促使旧骨脱钙，维持血钙的正常水平。当小儿维生素D缺乏时，肠道对钙的吸收减少，血钙水平降低。

甲状旁腺调节功能不足也是重要因素。正常情况下，当血钙降低时，甲状旁腺会分泌甲状旁腺素，它能促进旧骨溶解，释放骨钙入血，同时增加肾小管对钙的重吸收，减少磷的重吸收，以升高血钙水平。但小儿尤其是婴儿，甲状旁腺功能尚未发育成熟，当维生素D缺乏导致血钙降低时，甲状旁腺不能及时有效地分泌甲状旁腺素，使得血钙不能及时恢复到正常水平。

此外，一些诱发因素会促使血钙进一步降低，从而引发手足搐搦症。比如春季日照增多，或开始使用维生素D治疗时，大量钙沉积于待钙化的骨骼，使血钙暂时下降；发热、感染、饥饿时，组织细胞分解释放磷，使血磷升高，血钙降低；人工喂养儿食用含磷过高的奶制品，导致高磷、低钙血症。

综上所述，维生素D缺乏、甲状旁腺调节功能不足以及各种诱发因素共同作用，导致小儿血钙降低，当血钙低于一定水平时，神经肌肉兴奋性增强，就会出现手足搐搦症的表现。