脑炎后遗症常表现为精神迟钝、抽搐及瘫痪。麻疹脑炎和亚急性硬化性全脑炎患者的病死率均较高，单纯疱疹病毒脑炎患儿的病死率可达30%以上，约半数的存活者中有后遗症。胎儿经胎盘感染单纯疱疹病毒后可发生小脑畸形，积水性无脑畸形。脑炎后遗症的症状还有巨细胞包涵体病毒和风疹病毒的先天性感染侵犯多种脏器，当侵犯脑组积时，其预后都比后天性脑炎为差。先天性巨细胞包涵体病毒所致的中枢神经系统感染，可引起大脑性瘫痪、小脑畸形、智力迟钝、运动障碍，偶见脑积水。

先天性风疹脑炎患儿可发生小脑畸形、耳聋、甚至进行性精神及运动障碍。脑炎后遗症的症状有狂犬病毒脑炎的病死率最高。淋巴细胞性脉络丛脑膜炎、传染性单核细胞增多症并发脑炎、埃可病毒脑炎、柯萨奇病毒脑炎、腮腺炎病毒脑炎患者的预后多较好，大多数患者能逐渐痊愈。某些埃可病毒脑炎及柯萨奇病毒脑炎患儿可出现肢体瘫痪，但很少留下后遗症，极少数腮腺炎脑炎患儿可有偏瘫。

化脓性脑膜炎由于病变可引起脑膜粘连和脑实质的损害，因此可以出现颅神经麻痹、失明、听力障碍、肢体瘫痪、癫痫及智力减退等后遗症。结核性脑膜炎如果治疗不及时或不规则，可出现脑积水、脑出血、肢体瘫痪、癫痫、失明、智力低下等严重后遗症。

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