1.病原学检测
（1）涂片检测衣原体包涵体是最常用的筛选方法，可用于高危人群的筛选。
（2）细胞培养法认为是检测沙眼衣原体的金标准，但费时，且要求一定的设备技术条件。
2.分子生物学方法
原位杂交法检测宫颈或直肠活检标本中沙眼衣原体DNA，亦可用PCR法检测，可明显提高检测敏感性，且可用于鉴定其种及血清型，可用于诊断，疗效判断及流行病学调研。
PCR法可用于诊断和治疗后疗效的评价，但须注意在停药后疗效随访时，发现有的用直接免疫荧光法查抗原已为阴性，但PCR法仍为阳性，可能为残留部分病原DNA于体内，不表示有病原体存在。
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