小儿腹股沟疝的根本原因是鞘状突没有及时闭合。鞘状突因睾丸或子宫圆韧带下降而形成，多在出生后一年以内闭合。新生儿和半岁以内的婴儿鞘状突多未完全闭合，但鞘状突未闭合并非都形成疝，如果婴儿腹壁不够强健，比如早产儿、低体重儿更容易发生腹股沟疝。其他情况如：过度用力哭闹、便秘、咳嗽等使腹内压增高的情况，也会促使疝的形成。右侧睾丸下降一般比左侧晚，鞘状突闭合时间也长，故右侧腹股沟疝较左侧多见，单侧比双侧多见。
小儿脐疝的发生原因是脐环没有闭合。脐环在胚胎期即形成，并随胎儿成长而持续收缩，正常新生儿的脐环直径约为1cm，正常情况下在出生后脐环继续缩小直到最终闭合。婴儿脐带脱落后，脐部瘢痕是一个先天性薄弱处，同时在婴儿时期，两侧腹直肌前后鞘在脐部未合拢，留有缺损，这就给脐疝的发生提供了条件。各种使腹腔内压力增高的因素，如哭闹、便秘、腹泻、咳嗽等，皆可促使小儿脐疝的发生。
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