外科感染的主要病原体包括细菌、真菌、病毒和寄生虫，其中以细菌最为常见。常见的致病细菌有葡萄球菌（如金黄色葡萄球菌）、链球菌、大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌等。这些细菌可以通过伤口直接侵入人体，或者在手术过程中由于无菌操作不当而引起感染。此外，在免疫力低下的患者中，条件致病菌也可能成为主要的致病因素。
真菌感染在外科感染中相对少见，但当患者长期使用广谱抗生素或免疫抑制剂时，可能会导致正常菌群失调，从而引发真菌感染，常见的有白色念珠菌等。
病毒和寄生虫引起的外科感染较为罕见，但在特定情况下也有可能发生。例如，在进行器官移植手术或者处理动物咬伤等情况时需要特别注意预防此类病原体的感染。
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