牙周病主要是由多种细菌引起的，这些细菌通常存在于牙菌斑中。牙菌斑是一种黏附在牙齿表面的微生物膜，其中包含大量的细菌。引起牙周病的主要细菌包括牙龈卟啉单胞菌（Porphyromonas gingivalis）、中间普雷沃菌（Prevotella intermedia）和具核梭杆菌（Fusobacterium nucleatum）等。这些细菌通过产生毒素和酶破坏牙周组织，导致炎症反应，进而引发牙周病。
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