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牙本质构成牙齿的主体。牙本质色淡黄，稍有弹性，硬度比釉质低，比骨组织略高。成熟牙本质重量的70%为无机物，有机物为20%，水为10%.如按体积计算，无机物、有机物和水分的含量约为50%、30%和20%.牙本质的无机物主要也为磷灰石晶体，但其晶体比牙釉质中的小，与骨和牙骨质中的相似。微量元素有碳酸钙、氟化物、镁、锌、金属磷酸盐和硫酸盐。

有机物中胶原蛋白约占18%，为所有有机物的90%以上。主要为Ⅰ型胶原，还有少量Ⅲ型和Ⅴ型胶原。牙本质中非胶原大分子物质有几大类：磷蛋白、含γ羧基谷氨酸蛋白、混合性酸性糖蛋白、生长因子、血清源性蛋白、脂类和蛋白多糖。这些基质蛋白位于胶原原纤维的间隙中，沿牙本质小管周围聚集。非胶原蛋白的作用是调节矿物质沉淀，并且可以作为矿化的抑制因子、启动因子和稳定因子。最主要的是牙本质磷蛋白，约占所有非胶原有机成分的50%，在牙本质矿化前沿分布，与胶原纤维关系密切，可结合钙，有利于牙本质的矿化。在牙本质前沿分布，与胶原纤维关系密切，可结合钙、有利于牙本质的矿化。牙本质涎蛋白和牙本质基质蛋白-1主要位于管周牙本质，可以抑制管周牙本质的沉积，防止牙本质小管的闭合。牙本质中的生长因子有转化生长因子β、胰岛素样生长因子和成纤维细胞生长因子。这些生长因子可能在诱导新的成牙本质细胞形成、创伤修复中起重要作用。

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