胃肠运动主要受到自主神经系统（包括交感神经和副交感神经）以及肠壁内的内在神经系统（即肠神经系统，也称为“第二脑”）的调节。
1. 交感神经：当交感神经过度活跃时，会抑制胃肠道的运动功能。它能使平滑肌松弛，减少消化道血流，从而减慢食物在消化道中的推进速度和减弱消化腺体分泌活动。
2. 副交感神经：主要通过迷走神经来促进胃肠蠕动。当副交感神经过度活跃时，可以增加胃肠道的运动功能，加强平滑肌收缩力，加快食物在消化道内的移动，并刺激消化液的分泌。
3. 肠神经系统：位于胃肠道壁内的一系列神经元和突触结构组成的一个复杂网络系统。肠神经系统能够独立于中枢神经系统工作，对局部的机械、化学等刺激作出反应，控制着胃肠平滑肌收缩与舒张的过程，维持正常的消化道运动模式。
此外，
内分泌因素如胃泌素、胆囊收缩素等激素也能影响胃肠运动；而心理状态变化（比如压力大时）亦可通过中枢神经系统间接作用于上述神经途径，进而改变胃肠功能。
