局部应用氯己定的主要作用机制是通过其广谱抗菌特性，对多种细菌产生抑制或杀灭效果。具体来说，氯己定是一种阳离子表面活性剂，它能够与细胞膜上的阴离子基团结合，导致细胞膜结构破坏，使胞内物质外泄，从而造成微生物死亡。此外，氯己定还具有良好的吸附性能，可以长时间附着在口腔黏膜和牙齿表面，形成一层保护膜，持续发挥抗菌作用。
在口腔医学中，局部应用氯己定常用于预防和治疗牙周病、减少牙菌斑、控制口臭等。例如，在洁治或根面平整术后使用0.12%-0.2%的氯己定溶液漱口，可有效降低手术部位感染风险；对于接受正畸治疗的患者，定期使用含氯己定成分的口腔护理产品，有助于减少因托槽周围细菌积聚引起的炎症反应。但需要注意的是，长期或过度使用可能会引起牙面色素沉着、味觉改变等问题，因此在临床应用时应根据具体情况合理选择。
总之，局部应用氯己定通过破坏微生物细胞膜结构并持续释放抗菌成分，达到预防和治疗口腔疾病的效果。
