在牙周病治疗中，局部应用抗菌药物是控制牙周袋内细菌感染的有效手段之一。目前临床上常用的能够有效减少菌斑的药物主要包括：
1. 抗生素类：如米诺环素软膏（Minocycline gel）、多西环素凝胶等。这类药物可以直接作用于牙周袋内部，通过抑制或杀灭致病菌来减轻炎症反应和促进组织愈合。特别是米诺环素，在牙周维护期使用可以显著降低探诊深度、减少出血指数，并且对改善牙周健康状况有明显效果。
2. 氯己定溶液：作为一种广谱抗菌剂，氯己定具有良好的口腔黏膜亲和性和较长的滞留时间。通过冲洗或局部应用的方式，能够有效清除牙周袋内的细菌生物膜，减少菌斑形成。但长期使用可能会导致牙齿着色等问题。
3. 甲硝唑凝胶：对于厌氧菌感染引起的牙周病尤其适用，可以显著降低牙周袋内厌氧菌的数量，缓解炎症症状。
4. 次氯酸钠溶液：虽然主要作为根管治疗时的消毒液使用，但在某些情况下也可用于牙周袋内的冲洗，以达到杀菌的效果。不过需要注意其对组织有一定刺激性，使用浓度需要严格控制。

在选择具体药物时，应根据患者的具体情况（如病情严重程度、过敏史等）以及药物的作用机制和可能产生的副作用综合考虑。此外，局部用药通常需配合良好的口腔卫生习惯及定期的专业清洁治疗，才能达到最佳的治疗效果。最后，请注意所有药物使用均应在专业医生指导下进行。