在口腔诊疗过程中，会遇到多种微生物，这些微生物不仅存在于患者的口腔内，也可能通过各种途径传播给医疗工作者。了解这些常见的微生物对于预防感染和提供安全的医疗服务至关重要。

首先，细菌是口腔中最主要的一类微生物，它们广泛存在于牙菌斑、牙龈沟以及牙齿表面等部位。常见的致病菌包括链球菌（如A群溶血性链球菌）、放线菌属、拟杆菌属、普雷沃氏菌属和韦荣球菌等。这些细菌与龋齿、牙周病等多种口腔疾病的发生发展密切相关。

其次，真菌也是不容忽视的一类微生物，在正常情况下，健康人口腔内的真菌数量较少，但当人体免疫力下降或使用抗生素不当导致微生态失衡时，某些条件致病性真菌如白色念珠菌可能会过度生长并引起感染。

此外，病毒在口腔诊疗中也占有一定比例。例如人类乳头瘤病毒（HPV）与口腔黏膜的病变有关；单纯疱疹病毒I型（HSV-1）可导致口唇和面部出现水泡等症状；艾滋病病毒（HIV）虽然主要通过血液传播，但在某些情况下也可能经由唾液等体液间接传染。

最后，原虫如溶组织内阿米巴在特定条件下也可引起口腔感染，但相对较为少见。

因此，在进行口腔诊疗时，医生应严格遵守无菌操作规程，并采取有效的防护措施以减少微生物的交叉感染风险。同时，对于疑似或确诊为特殊病原体感染者，则需要根据具体情况实施更高级别的隔离与消毒程序。