在进行根管治疗的过程中，选择合适的消毒剂是确保治疗效果和患者安全的关键步骤之一。通常情况下，医生会根据牙齿的具体情况（如感染程度、牙髓状况等）以及消毒剂的特性来决定使用哪一种。

常见的根管消毒剂包括次氯酸钠溶液、过氧化氢溶液、EDTA（乙二胺四乙酸）、氯己定等。这些消毒剂各有特点：
1. 次氯酸钠：具有很强的杀菌作用，能够有效清除细菌和坏死组织，但使用时需要注意浓度控制，过高可能对周围组织造成损伤。
2. 过氧化氢：同样是一种强效的抗菌剂，可以产生氧气泡沫帮助清洁根管内的细小空间。不过它对于牙本质有一定的腐蚀性，因此不建议长时间使用高浓度溶液。
3. EDTA：主要用作软化和清除根管壁上的玷污层，有助于提高其他消毒药物的效果。单独作为消毒剂时效果较弱。
4. 氯己定：具有广谱抗菌作用，对多种细菌、真菌均有抑制能力。其优点是毒性低、刺激性小。

在实际操作中，医生可能会根据具体情况选择单一或联合使用上述消毒剂。比如，在清除大量感染组织后，先用次氯酸钠彻底清洗根管，随后再用EDTA处理玷污层，最后以氯己定进行终末消毒，确保根管内环境清洁无菌。

需要注意的是，所有操作都必须严格遵守无菌技术，并且密切观察患者的反应。如果患者对某种消毒剂过敏，则需要及时更换其他替代品。此外，在使用任何化学物质时都要注意保护好自己和病人的安全，避免误吞或接触眼睛等敏感部位。