牙源性囊肿的治疗方法主要依据囊肿的类型、大小、位置以及患者的具体状况来确定，通常包含手术治疗和非手术治疗两种方式。

手术治疗是牙源性囊肿的主要治疗手段。对于较小的囊肿，可采用囊肿摘除术。这种手术是将囊肿完整地从颌骨中摘除，以达到根治的目的。在手术过程中，医生会尽量保护周围的正常组织，避免损伤重要的神经、血管等结构。对于较大的囊肿，尤其是已经引起明显骨质破坏的情况，可能需要进行囊肿刮治术。该手术是将囊肿内容物刮除干净，并对囊壁进行处理，以减少复发的可能性。在某些情况下，如果囊肿与牙齿关系密切，可能需要同时拔除相关的牙齿。例如含牙囊肿，常常需要拔除包含在囊肿内的牙齿。

非手术治疗一般适用于一些特殊情况。对于感染性囊肿，在手术前通常需要先进行抗感染治疗，使用抗生素控制炎症，待炎症消退后再进行手术。此外，对于一些较小的、无症状且暂时不宜手术的囊肿，可以进行定期观察。通过定期的X线检查等手段，监测囊肿的变化情况。如果囊肿在观察过程中出现增大、症状加重等情况，再及时采取手术治疗。

牙源性囊肿的治疗需要综合考虑多方面因素，制定个性化的治疗方案。患者在治疗后还需要遵循医生的建议，定期复查，以确保治疗效果，预防囊肿复发。