口腔流行病学研究方法主要分为描述性流行病学、分析性流行病学和实验流行病学三大类。
描述性流行病学是流行病学中最常用的一种，它的作用是描述人群中疾病或健康状况及暴露因素的分布情况，为进一步的研究提供线索。具体又包含横断面研究、纵向研究和常规资料分析三种。横断面研究又称现况调查，是在特定时间范围内，对特定人群中的疾病或健康状况以及相关因素进行调查，比如在某个社区对居民的龋齿患病情况进行调查。纵向研究是对一组人群定期随访，观察疾病或健康状况的动态变化，能分析疾病的自然史。常规资料分析则是对已有的记录资料进行分析，像医院的病历资料、疾病报告等。
分析性流行病学主要是为了探讨病因、相关因素对于疾病发生的影响。它包括病例 - 对照研究和队列研究。病例 - 对照研究是选择患有和未患有某特定疾病的人群分别作为病例组和对照组，调查两组人群过去暴露于某种或某些可疑危险因素的比例，以判断该暴露因素是否与该疾病有关联及其关联程度大小。队列研究是将特定人群按其是否暴露于某因素分为暴露组和非暴露组，随访观察一定时间，比较两组人群某种疾病的发病率或死亡率，从而判断暴露因素与疾病之间有无关联及关联强度。
实验流行病学是指在研究者的控制下对人群采取某项干预措施或施加某种因素或消除某种因素以观察其对人群疾病发生或健康状态的影响。它有现场试验和社区干预试验等形式。现场试验是以尚未患病的人群作为研究对象，按随机分配原则将研究对象分为实验组和对照组，给实验组施加干预措施，随访观察一段时间，比较两组人群的发病情况。社区干预试验是以社区人群整体作为干预单位，常用于对某种预防措施或方法的效果进行评价。
这三大类研究方法在口腔流行病学研究中相互补充，共同为了解口腔疾病的分布规律、病因机制以及制定防治策略提供科学依据。
