复发性阿弗他溃疡是最常见的口腔黏膜病，治疗主要分为局部治疗和全身治疗，目的是消炎、止痛、防止继发感染、促进愈合。

局部治疗方面，消炎类药物是常用的。可以使用药膜，如复方氯己定地塞米松膜，其能贴于患处，起到保护创面、减轻疼痛、促进愈合的作用。含漱液也是常用选择，像0.1%依沙吖啶溶液、0.02%呋喃西林液等，具有消毒杀菌的功效，能减少口腔细菌数量，防止溃疡继发感染。含片如西地碘片，有杀菌、收敛作用。散剂如冰硼散、锡类散等，可直接撒于溃疡面上，起到消肿止痛、化腐生肌的效果。止痛药物如0.5%盐酸达克罗宁液，在疼痛难忍时，于饭前涂于溃疡处，可有效缓解疼痛。此外，还可采用理疗，如激光、微波等，能减少渗出，促进愈合。

全身治疗主要是对因治疗、控制症状、减少复发、促进愈合。对于免疫功能低下者，可使用免疫增强剂，如转移因子、胸腺素等，能提高机体的免疫功能，增强抵抗力。而对于免疫反应过强者，可使用免疫抑制剂，如肾上腺皮质激素，像泼尼松片，但使用时需严格掌握适应证和剂量，密切观察不良反应。维生素及微量元素的补充也很重要，如维生素B₁、B₂、B₆、B₁₂及维生素C等，可维持正常的代谢功能，促进病损愈合。微量元素锌、铁等的缺乏可能与复发性阿弗他溃疡的发生有关，适当补充有助于病情恢复。同时，患者在日常生活中要注意口腔卫生，保持良好的生活习惯，避免过度劳累，保证充足睡眠，饮食上多吃蔬菜水果，避免食用辛辣、刺激性食物，以减少复发的几率。