错（牙合）畸形的病因较为复杂，可分为遗传因素和环境因素两大方面。

遗传因素是错（牙合）畸形形成的重要原因之一。遗传因素可以通过种族演化和个体发育两个途径影响错（牙合）畸形的发生。在种族演化过程中，随着人类的进化，食物逐渐变得精细，咀嚼器官出现退化，颌骨的退化速度快于牙齿，导致牙量与骨量不调，从而容易出现错（牙合）畸形。从个体发育来看，亲代的错（牙合）畸形可能会通过基因遗传给子代，如牙列拥挤、上颌前突、下颌前突等都具有一定的遗传倾向。

环境因素又可细分为先天因素和后天因素。先天因素是指胎儿在母体内生长发育过程中受到的各种影响。母亲在孕期的营养不良、感染风疹等疾病、服用某些药物、受到外伤等，都可能影响胎儿牙齿和颌骨的正常发育，导致错（牙合）畸形。

后天因素涵盖的范围更广。不良的口腔习惯是常见的后天病因，比如吮指习惯，长期吮指会使上前牙前突、下前牙后缩，出现牙间隙；舌习惯，如伸舌、舔牙等，会导致开（牙合）、牙间隙增宽等；咬唇习惯，咬上唇可造成前牙反（牙合），咬下唇会导致上前牙前突、下颌后缩。替牙期的局部障碍也会引发错（牙合）畸形，如乳牙早失，会使邻牙向缺隙处倾斜，导致恒牙萌出空间不足而错位；乳牙滞留，会使恒牙不能正常萌出，出现双排牙现象。此外，疾病因素，如佝偻病、腺样体肥大等，也会影响颌骨的正常发育，进而导致错（牙合）畸形。还有一些外伤，如颌骨骨折等，如果治疗不当，也可能引起牙齿排列和咬合关系的异常。