牙周脓肿并非独立疾病，而是牙周炎发展到晚期，出现深牙周袋后的常见伴发症状。其病因主要有以下几个方面。

深牙周袋内壁的化脓性炎症向深部结缔组织扩展，而脓液不能向袋内排出时，即形成袋壁软组织内的脓肿。这是因为深牙周袋存在时，细菌容易在其中滋生繁殖，产生的毒素和炎症介质不断刺激牙周组织，导致局部组织化脓，当引流不畅时就会形成脓肿。

迂回曲折的、涉及多个牙面的深牙周袋，脓性渗出物不能顺利引流，特别是累及根分叉区时更容易发生。这种复杂的牙周袋形态使得脓液排出困难，积聚在牙周组织内，压力逐渐增大，最终形成脓肿。

洁治或刮治时，动作粗暴，将牙石碎片推入牙周袋深部组织，或损伤牙龈组织，也可能引起牙周脓肿。在进行牙周治疗时，如果操作不当，会破坏牙周组织的正常结构和防御机制，为细菌感染创造条件，进而引发脓肿。

牙髓治疗时根管及髓室底侧穿、牙根纵裂等，有时也可引起牙周脓肿。牙髓与牙周组织之间存在着密切的联系，当牙髓出现问题且波及到牙周组织时，就可能导致牙周组织的炎症和脓肿形成。

机体抵抗力下降或有严重的全身疾病，如糖尿病等，易发生牙周脓肿。全身状况不佳会影响机体的免疫功能，使得牙周组织对细菌的抵抗力降低，容易发生感染并形成脓肿。

综上所述，牙周脓肿的发生是多种因素共同作用的结果，了解这些病因对于预防和治疗牙周脓肿具有重要意义。