小肠对蛋白质的消化是一个复杂且重要的生理过程，主要包括胰液和小肠液中的多种酶参与的化学性消化以及小肠运动促进的机械性消化。

在化学性消化方面，首先是胰液中的蛋白酶发挥关键作用。胰液中含有胰蛋白酶原和糜蛋白酶原等多种蛋白酶。胰蛋白酶原在肠激酶的作用下被激活为有活性的胰蛋白酶，胰蛋白酶本身又可以激活胰蛋白酶原以及糜蛋白酶原等，使糜蛋白酶原转变为有活性的糜蛋白酶。胰蛋白酶和糜蛋白酶能够特异性地作用于蛋白质分子中的特定肽键，将蛋白质分解为小分子的多肽和少量氨基酸。这些小分子多肽还需要进一步被消化。

小肠黏膜上皮细胞分泌的肠肽酶也参与其中。肠肽酶可以将小分子多肽进一步水解为氨基酸。肠肽酶有多种类型，能够作用于不同的肽键，从而逐步将多肽分解为可被吸收的氨基酸。

在机械性消化方面，小肠的运动对蛋白质消化也起到重要作用。小肠的分节运动和蠕动可以使食糜与消化液充分混合，增加蛋白质与各种消化酶的接触面积，促进化学性消化的进行。同时，小肠的运动还能不断将食糜向小肠的远端推进，使消化后的产物能够及时被吸收。

经过小肠的消化，蛋白质最终被分解为氨基酸，这些氨基酸可以通过小肠黏膜上皮细胞的主动转运等方式被吸收进入血液循环，为机体的生长、修复和代谢等提供必要的营养物质。