口腔生物化学物质的代谢是一个复杂且有序的过程，涉及多种物质和机制。

首先来看糖类的代谢。口腔中的糖类主要来源于食物，当糖类进入口腔后，唾液中的淀粉酶会开始对淀粉进行初步分解，将其分解为麦芽糖等小分子糖类。细菌也参与了糖类代谢，口腔中的细菌如变形链球菌等会利用糖类作为能源物质。它们通过糖酵解途径将葡萄糖分解为丙酮酸，在无氧条件下，丙酮酸进一步转化为乳酸等酸性产物。这些酸性产物会使口腔pH值下降，长期作用可能导致牙齿脱矿，引发龋齿。

蛋白质的代谢方面，口腔中的蛋白质主要来自食物、唾液和口腔黏膜脱落细胞等。唾液中的蛋白酶可以对蛋白质进行初步水解，将其分解为多肽。口腔细菌也能产生多种蛋白酶，进一步将多肽分解为氨基酸。这些氨基酸一部分被细菌利用合成自身的蛋白质，另一部分则参与口腔内其他代谢过程，或者被吸收进入血液循环。

脂类代谢相对糖类和蛋白质代谢来说规模较小。口腔中的脂类主要来自食物和唾液中的脂质成分。细菌可以产生脂肪酶，将甘油三酯水解为脂肪酸和甘油。脂肪酸可以被细菌作为能源物质，也可能参与细菌细胞膜的合成。

此外，口腔中的矿物质如钙、磷等也处于动态代谢平衡中。牙齿表面的矿物质会在唾液中钙、磷离子浓度的影响下发生脱矿和再矿化过程。当口腔pH值降低时，牙齿中的矿物质会溶解进入唾液，发生脱矿；而当唾液中钙、磷离子浓度合适且pH值升高时，矿物质又会重新沉积在牙齿表面，实现再矿化。

综上所述，口腔生物化学物质的代谢是多种物质相互作用、多种机制协同进行的过程，这些代谢过程对于维持口腔的正常生理功能和健康至关重要。