牙数目异常主要包括额外牙和先天性缺牙，其病因较为复杂，涉及遗传、环境等多个方面。

在遗传因素方面，额外牙具有明显的遗传倾向。某些基因突变可能导致牙胚发育调控机制出现异常，使得在正常牙胚形成之外，额外的牙蕾发育形成额外牙。常染色体显性遗传在一些额外牙病例中较为常见，家族中若有额外牙患者，其后代出现额外牙的概率会明显增加。而先天性缺牙同样与遗传密切相关，一些单基因遗传病如外胚叶发育不全综合征，由于相关基因的突变，会影响牙胚的正常发育，导致多个牙齿先天性缺失。研究发现，特定的基因如MSX1、PAX9等在牙齿发育过程中起着关键作用，这些基因的突变可能引发先天性缺牙。

环境因素也对牙数目异常有重要影响。在胚胎发育期间，母亲孕期的不良状况会干扰牙胚的发育。例如，母亲在孕期受到病毒感染，如风疹病毒感染，可能会影响胎儿牙胚的正常形成，增加额外牙或先天性缺牙的发生风险。孕期接触有害物质，如射线、某些化学药物等，也可能破坏牙胚的发育环境，导致牙数目异常。此外，儿童在生长发育过程中，局部的感染、创伤等因素也可能影响牙胚。比如，乳牙的根尖周感染可能波及下方的恒牙胚，阻碍其正常发育，进而导致恒牙先天性缺失。同时，一些全身性疾病，如佝偻病、甲状腺功能减退等，会影响机体的代谢和生长发育，也可能间接影响牙齿的发育，造成牙数目异常。