牙形态发育异常的原因是多方面的，主要包括遗传因素、环境因素以及两者的相互作用。

从遗传因素来看，基因在牙齿的正常发育过程中起着关键的调控作用。某些基因突变或染色体异常可能会导致牙形态发育异常。例如，遗传性外胚叶发育不全症，这是一种由遗传因素引起的疾病，患者不仅会出现毛发、指甲等外胚叶组织发育异常，牙齿也会受到影响，常表现为牙齿数目减少、形态异常，如锥形牙等。一些单基因遗传病，它们通过特定的遗传方式传递，使得牙齿在发育过程中遵循异常的基因指令，从而出现牙形态的改变。

环境因素同样不可忽视。在母亲怀孕期间，如果受到某些不良因素的影响，就可能影响胎儿牙齿的发育。比如，母亲在孕期感染风疹病毒，病毒可能会干扰胎儿牙齿发育的正常进程，导致牙齿形态出现异常。孕期母亲接触有害物质，如过量的放射线、某些化学物质等，也可能对胎儿牙齿的发育造成损害。

儿童在生长发育期间，一些全身性疾病也会影响牙形态。例如，严重的营养不良，尤其是缺乏维生素D、钙、磷等与牙齿发育密切相关的营养物质时，会影响牙齿硬组织的矿化过程，导致牙齿形态异常，可能出现牙面凹陷、牙尖发育不良等情况。内分泌失调，如甲状腺功能减退，会影响机体的代谢和生长发育，进而波及牙齿，使牙齿的大小、形态等出现异常。

局部因素也会导致牙形态发育异常。乳牙的根尖周炎症可能会影响继承恒牙的发育，导致恒牙形态出现异常，如牙冠形态不规则、牙根弯曲等。此外，口腔不良习惯，如长期吮指、咬唇等，会对牙齿和颌骨施加异常的压力，影响牙齿的正常萌出和排列，也可能导致牙形态发生改变。总之，牙形态发育异常是多种因素共同作用的结果。